PN-III-P2-2.1-PTE-2019-0577
29PTE/2020 - ONCONGS
Biopsia lichidă - alternativa modernă în determinarea profilului molecular prin NGS pentru modularea terapiei în cancerul avansat. Validare și implementare

INFORMATII GENERALE

CONSORTIU:

Coordantor (CO): ONCO TEAM DIAGNOSTIC S.R.L.

Director Proiect: Prof. Dr. Carmen Ardeleanu

Contact: oncoteamdg@gmail.com

Partener 1 (P1): Universitatea din Bucuresti

Responsabil Proiect: Lector Dr. Farm. Bianca Galateanu

Contact: bianca.galateanu@bio.unibuc.ro

PERIOADA DE IMPLEMENTARE:

09/06/2020 - 09/05/2021

BUGET:

Bugetul de stat: 1.189.000 RON

Cofinantare: 797.000 RON

REZUMATUL PROIECTULUI

În contextul în care, unul din obiectivele specifice ale proiectelor PTE îl reprezintă racordarea cercetării aplicative şi a progresului tehnologic din România la evoluția şi cerinţele mediului socio-economic naţional şi internațional, această aplicație își propune să schimbe practica clinică din România prin validarea și introducerea pe piața medicală internă a unei metode non invazive de prognostic și de modulare a terapiei la pacienții diagnosticați cu cancer în stadii avansate. Noul serviciu propus în proiect se bazează pe utilizarea biopsiilor lichide și constă în determinarea profilului molecular prin secventiere de noua generatie (NGS) pentru modularea terapiei in cancerul pulmonar și colorectal avansat. Biopsia lichidă depășește limitările impuse de biopsia clasică, fiind o tehnică non – invazivă care poate fi realizată în mod repetat și care oferă informații în timp real asupra dinamicii tumorale pe baza analizei markerilor tumorali circulanți (celule circulante tumorale, ADN circulant tumoral, exozomi). Avantajul analizei ADNct prin secvențiere de nouă generație (NGS) constă în complexitatea datelor furnizate ca urmare a tehnologiei ultra moderne care permite screeningul a numeroase alterări moleculare, printr-o singură analiză, utilizând o singură probă. Rezultatele obținute în urma analizei datelor de NGS are un imens impact asupra modulării tratamentului pacienților, oferind posibilitatea de adaptare în timp real a terapiei pe baza dinamicii modificărilor moleculare identificate.

Implementarea acestui proiect în România ar putea oferi șansa pacienților români să beneficieze de analiza ADNct prin NGS fără riscurile asociate expedierii la distanță a probelor biologice perisabile și cu costuri mai reduse. Caracterul inovativ al acestei propuneri de proiect în raport cu stadiul actual pe plan internațional constă în dezvoltarea unui panelului unic de gene țintă relevante atât pentru cancerul pulmonar cât și pentru cancerul celorectal.

SCOP SI OBIECTIVE

SCOPUL PROIECTULUI este dezvoltarea și validarea unui protocol de biopsie lichidă pentru cancerul colorectal și cancerul pulmonar de tip NSCLC pentru implementarea lui în laboratorul Oncoteam Diagnostic SA.

OBIECTIVELE SPECIFICE:

OB1: Crearea loturilor de pacienți înrolați în studiu;

OB2: Analiza biopsiilor în parafină;

OB3: Optimizarea panelului unic de gene prin analiza NGS a ADNct;

OB4: Validarea rezultatelor și corelarea datelor;

OB5: Transferul cunoșterii către operatorul economic;

OB6: Diseminarea pe scară largă a rezultatelor proiectului

IMPLEMENTARE

Proiectul 29PTE/2020 se încheie cu atingerea scopului prin realizarea tuturor obiectivelor si chiar depașirea indicilor de diseminare planificați. Astfel, în urma implementării proiectului de cercetare, OncoTeam Diagnostic SA (Instituția coordonatoare), a implementat un nou serviciu în portofoliul de analize medicale, și anume: Biopsia lichida pentru cancer colorectal și cancer pulmonar tip NSCLC.

În ciuda dificultăților întâmpinate datorită Pandemiei cu SARS-COV-19:

(A) a fost creat un parteneriat cu Spitalul Clinic de Urgență “Sfântul Ioan” din București si unul cu Institutul Oncologic București “Prof. Dr. Alexandru Trestioreanu”, împreună cu care s-a creat un lot semnificativ de pacienți ce au fost înrolați în studiu. De menționat este faptul că toți acești pacienți au beneficiat în mod gratuit de analizele histopatologice, imunohistochimice, de biologie moleculara și mai ales de analiza profilului molecular tumoral atât din țesut cât și din plasma, iar rezultatele acestor analize le-au parvenit în vederea sprijinirii medicilor oncologi curanți în luarea unor decizii terapeutice personalizate.

(B) personalul de cercetare a beneficiat de training pentru tehnica NGS și analiza biopsiilor lichide;

(C) s-a realizat transferul de cunoaștere către operatorul economic care a implementat noul serviciu: Biopsia lichida pentru cancer colorectal și cancer pulmonar și a validat extern analiza, în centre internaționale de control extern pentru probe de biologie moleculara (EMQN si ESR EQA). Înainte de finalizarea proiectului, operatorul economic a prestat deja noul serviciu unui număr de 5 pacienți;

(D) a fost organizată o conferință națională, cu participare internațională, care a crescut semnificativ vizibilitatea proiectului, a echipelor de cercetare și a rezultatelor obținute.

În ceea ce privește diseminarea rezultatelor:

(A) din cele 2 articole ISI planificate, unul a fost deja publicat în revista Frontiers in Oncology (IF=6.244), iar cel de al doilea a fost acceptat spre publicare în revista Romanian Journal of Embryology and Morphology (IF=1.03) și va apărea în primul volum al revistei din anul 2022. Mai mult, la momentul finalizării proiectului exista deja redactate încă 2 articole științifice ce conțin rezultatele cercetărilor și ce vor fi trimise spre evaluare și publicare în reviste ISI, cu acknowledgement la acest proiect de cercetare;

Octav Ginghină, Bianca Gălățeanu, Marieta Costache, Marius Zamfir, Mara Mardare, Irina Bondoc, Laura Buburuzan, Sergiu Georgescu, Carolina Negrei, Ariana Hudita, Liquid biopsy and artificial intelligence as tools to detect signatures of colorectal malignancies: a modern approach in patient’s stratification, trimis spre publicare în Frontiers in Oncology, IF = 6.244
Maria-Anca Irofei (Zamfir), Laura Buburuzan, Ariana Hudiță, Bianca Gălățeanu, Octav Ginghină, Ion Daniel, Natalia Motaș, Carmen Maria Ardeleanu, Marieta Costache, Liquid biopsy in lung cancer management, trimis spre evaluare și publicare în Romanian Journal of Morphology and Embriology, IF = 1.033
Laura Buburuzan, Anca Zamfir-Irofei, Carmen Maria Ardeleanu, Alin Horatiu Muresan, Florina Vasilescu, Ariana Hudita, Marieta Costache, Bianca Galateanu, Alexandra Puscasu, Alexandru Filippi, Natalia Motas, NGS Comparative Analysis of Liquid Biopsy (LB) and Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) Samples of Non-Small Cell Lung Carcinoma (NSCLC) - intenție de submitere în Cancers MDPI
Bianca Galateanu, Ariana Hudita, Octav Ginghina, Marius Zamfir, Andrada Spanu, Mara Mardare, Irina Bondoc, Dana Cernov, Laura Buburuzan, Anca Zamfir-Irofei, Cornelia Nitipir, NGS Comparative Analysis of Liquid Biopsy (LB) and Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) Samples of colorectal cancer (CRC) - intenție de submitere în Frontiers in Oncology

(B) din cele 4 participări planificate la conferințe, s-au realizat 5 participări astfel: 2 participări la conferințe internaționale (un poster și o prezentare orală) si 3 participări la o conferință națională cu participare internațională;

The 45th FEBS Congress, 3-8 iulie 2021, Ljubliana, Slovenia:

B. Galateanu, O. Ginghina, M. Zamfir, M. Mardare, Bondoc, A. Muresan, L. Buburuzan, C. Ardeleanu, M. Costache, A. Hudita, Liquid biopsy in colorectal cancer, P-06.3-35 (participare online cu poster)

2. Cost Action (WG3): Challenges of tumor profiling in translational research, 20-21 septembrie 2021, București, România:

Bianca Galateanu, Ariana Hudita, Elena Ionica, Liquid biopsy: a powerful modern tool for managing colorectal cancer, (participare cu prezentare orală)

3. Conferința OncoHub, 13-15 octombrie 2021, București, România:

B. Gălățeanu, O. Ginghină, M. Zamfir, M. Mardare, I. Bondoc, A. Spanu, M. Costache, A. Hudță, The power of liquid biopsy in colorectal cancer prognosis and therapy modulation, participare cu poster

4. Conferința OncoHub, 13-15 octombrie 2021, București, România:

Laura Buburuzan, Maria-Anca Zamfir, Bogdan-Alexandru Negoita, Horatiu-Alin Muresan, Constantin-Ioan Busuioc, Next-Generation Sequencing and Molecular Diagnostic In Cancer, participare cu prezentare orală

5. Conferința OncoHub, 13-15 octombrie 2021, București, România:

Florina Vasilescu, Laura Buburuzan,Maria-Anca Zamfir, Natalia Motas, Assessment of Mutational Status in NSCLC -histhopathological and molecular aspects, participare cu prezentare orală

Titlu: Model de determinare a profilului molecular tumoral din sângele periferic al pacienților oncologici în stadii avansate pentru personalizarea și modularea abordării terapeutice

Inventatori: Bianca Galateanu, Ariana Hudita, Octav Ginghina, Carmen Maria Ardeleanu, Anca Zamfir-Irofei (toți membrii ai echipei proiectului)

(D) conferința națională ce a fost planificată, a fost organizată în format online, ceea ce a permis pe de o parte înscrierea unui număr mare de participanți (peste 1300 de participanți în audiență) și pe de altă parte, participarea unui număr semnificativ de speakeri străini (60 de speakeri din 10 tari). Mai mult, Conferința OncoHub (www.oncohub.ro) s-a bucurat de creditare cu număr maxim de ore de Educație Medicala Continuă (6 EMC/zi - 18 EMC în total) din partea Colegiului Medicilor din Romania (CMR) și din partea Ordinului Biochimiștilor, Biologilor si Chimiștilor din Sistemul Sanitar din România (OBBCSSR). În concluzie, acest eveniment: (i) a creat o oportunitate de formare în domeniul biomedical pentru un număr de peste 1300 de specialiști care au beneficiat de participare gratuită și de vouchere de publicare a propriilor studii în reviste șitiințifice de tip Open Access, (ii) a oferit șansa tinerilor specialiști să se remarce în comunitatea științifică răsplătindu-le munca cu 4 premii oferite de Editura MDPI și Atlasul Virtual Biomap pentru cele mai bune postere, și nu în ultimul rând, (iii) a oferit o foarte buna vizibilitate proiectului.

(E) a fost creat si actualizat in permanenta website-ul proiectului

(F) au fost redactate rapoartele de etapa si raportul final al proiectului

ETAPA 1/2020

A.1.1. Conceperea loturilor de pacienți

Livrabile: Lista criteriilor de înrolare și model fișa de consimțământ

Onco Team Diagnostic (CO) și UNIVERSITATEA DIN BUCUREȘTI (P1) au stabilit crearea a două loturi de pacienți, câte unul pentru fiecare patologie vizată: (i) cancer pulmonar (LOT1) și (ii) cancer colorectal (LOT2). Primul demers realizat în vederea creării acestor loturi de pacienți a fost stabilirea unor acorduri de colaborare cu spitale care tratează pacienți cu aceste patologii. Astfel, pentru crearea lotului 1, a fost semnat un acord de colaborare cu Institutul Oncologic București “Prof. Dr. Alexandru Trestioreanu”, iar pentru crearea lotului 2, a fost stabilit un acord de colaborare cu Spitalul Clinic de Urgență “Sfântul Ioan” din București. Echipa de management, împreună cu medicii din echipa proiectului au întocmit o fișă de consimțământ pentru înrolarea pacienților și au stabilit criteriile de eligibilitate pentru includerea pacienților în studiu.

A.1.2. Înrolarea pacienților și obținerea probelor biologice (biopsie și plasmă)

Livrabile: probe biologice

Toate studiile au fost realizate în conformitate cu normele europene în vigoare, conform Declarației de la Helsinki, și cu avizul comisiilor de etică ale instituțiilor partenere: aviz Comisie de Etică OncoTeam Diagnostic SA: 104/10.10.2019 și aviz Comisie de Etica a Cercetării din Universitatea din București: 74/09.10.2019. Toți pacienții înrolați în studiu au prezentat suspiciuni de cancer pulmonar de tip NSCLC, fie de cancer colorectal în stadii avansate și și-au dat consimțământul scris pentru participarea la studiu. După analiza biopsiilor tuturor pacienților înrolați, în studiu au rămas 43 de pacienți, dintre care 26 în lotul 1, cu patologie oncologică pulmonară (NSCLC) și 17 pacienți în lotul 2, cu patologice oncologică colorectală.

A.1.3. Analiza literaturii de specialitate in vederea selecției și achiziției unor reactivi și consumabile de laborator

Livrabile: stocuri reactivi și consumabile

Cercetătorii ambelor echipe CO și P1 au studiat literatura de specialitate și au întocmit listele de achiziții pentru stocurile de reactivi și consumabile necesare derulării studiilor vizate în proiect. Stocurile de reactivi și consumabile au fost justificate în fișa de evidență a cheltuielilor, încărcată în platforma UEFISCDI.

A.1.4. Analiza biopsiilor incluse in parafina

Livrabile: buletine de analiză

Toți pacienții înrolați în studiu au beneficiat de examenul histopatologic și imunohistochimic al țesuturilor împarafinate. Buletinele de analiză emise sunt confidențiale și nu pot fi făcute publice, motiv pentru care ele nu sunt atașate prezentului raport și doar se face referire la ele. Rezultatele acestor analize au fost integrate în alnaliza și interpretarea datelor studiului.

A.1.5. Izolarea ADN circulant

Livrabile: probe de ADNct

Izolarea ADNct s-a realizat cu ajutorul kitului MagMAX™ Cell-Free Total Nucleic Acid Isolation Kit, conceput pentru izolarea cfNA (cell free Nucleic Acids - acizi nucleici liberi circulanți) din probele de plasmă umană. Kitul utilizează tehnologia și chimia de extracție Dynabeads™ MyOne™ SILANE, asigurând recuperarea reproductibilă a cfNA, incluzând cfADN (cell free DNA - ADN liber circulant), cfARN (cell free RNA - ARN liber circulant) și cf miARN (cell free micro RNA - microARN liber circulant), adecvat pentru o gamă largă de aplicații, inclusiv secvențierea NGS (Next Generation Sequencing - Scrvențiere de Nouă Generație), genotiparea, qPCR și dPCR. Probele au fost prelucrare imediat după sosirea în laborator și materialul genetic astfel obținut a fost stocat la -80 0C pana la analiza NGS.

A.1.6. Analiza de date

Livrabile: buletine de analiză

Piesele intrate în studiu, respectiv biopsii pulmonare și piese operatorii de la pacienții cu cancer digestiv, au fost orientate, procesate și incluse în blocuri parafină. Apoi, blocurile au fost secționate la microtom și secțiunile rezultate au fost colorate cu hematoxilină-eozină. Pentru validarea pacienților eligibili pentru studiu, la fiecare caz s-a lucrat imunohistochimia prin metoda automată, pe imunosteiner-ul BOND III. Toti pacientii înrolați, inclusiv cei declarați ulterior neeligibili, au avut diagnostic final histopatologic și imunohistochimic, iar la pacienții eligibili, conform acordurilor semnate s-au lucrat și analize pentru terapiile țintite (determinarea mutațiilor EGFR și a translocației ALK pentru pacienții cu NSCLC precum și instabilitatea microsatelitară pentru pacienții cu CRC).

A.1.7. Creare site proiect, raportare etapă

Livrabile: site-ul proiectului și raportul etapei

ETAPA 2/2021

A.2.1. Analiza literaturii de specialitate in vederea selecției și achiziției unor reactivi și consumabile de laborator

Livrabile: stocuri reactivi și consumabile

Cercetătorii ambelor echipe au studiat literatura de specialitate pentru un update al informațiilor culese până în prezent.

A.2.2. Validarea externă a panelului unic ONCONGS

Livrabile: buletine de analiză

Echipa CO s-a inscris la urmatoarele scheme de evaluare pentru analiza NGS pentru ADN la EMQN: DNA SEQUENCING - NGS (v Somatic) si pentru ARN la ESP EQA: Lung EQA Scheme. În cadrul fiecărei scheme de evaluare au fost primite probe biologice pentru evaluarea mutațiilor. Rezultatele obținute în urma analizei NGS au fost înscrise pe platformele de evaluare ale celor doua instituții care au validat rezultatele printr-un calificativ favorabil (documentele doveditoare disponibile până la momentul finalizării proiectului au fost încărcate în platfoma UEFISCDI).

A.2.8. Optimizarea panelului unic de gene prin analiza NGS a ADNct

Livrabile: panel unic de gene țintă pentru cancerul pulmonar și colorectal

Pentru optimizarea panelului de gene și a protocolului de lucru, materialul genetic extras folosind kit-ul MagMAX™ Cell-Free Total Nucleic Acid Isolation Kit, a fost supus următoarei proceduri: 1. Revers transcrierea cfNA; 2. Amplificare; 3. Purificarea ampliconilor; 4. Amplificarea ampliconilor țintă cu primeri marcați cu cod de bare; 5. Purificarea librăriei marcate cu coduri de bare; 6. Selectarea dimensiunii librăriei marcate cu coduri de bare; 7. Cuantificarea librăriei prin qPCR.

Pentru analiza NGS a fost optimizat un protocol de lucru cu un panel alcatuit din 52 gene care include:

regiuni hotspot (SNVs) si scurte indel (insertii-deletii)
fuziuni genice
MET exon 14 skipping;
variatii ale numarului de copii (CNVs – copy number variations);
gene supresoare tumorale - APC, FBXW7, PTEN, TP53.

Genele vizate prezinta frecvent mutatii în cancerul pulmonar și colorectal. Secvențierea a fost efectuata utilizând platforma Next-Generation Sequencing Ion S5 (Thermo Fisher Scientific) și Ion Torrent. Analiza rezultatelor pentru investigarea mutațiilor s-a realizat cu ajutorul softului Ion Reporter si Oncomine Knowledge Database.

A.2.3. Demonstrarea funcționalității modelului validat

Livrabile: buletine de analiză

Demonstrarea funcționalității modelului validat s-a realizat prin analiza NGS a biopsiilor din parafină cu kitul IVD Oncomine Solid Tumor, aprobat FDA. Pentru aceasta, în cadrul laboratorului de Biologie Moleculară al OncoTeam Diagnostic există deja un protocol standardizat de lucru ceea ce a facilitat derularea acestei activități în condiții foarte bune.

A.2.4. Analiza integrata a datelor si corelarea rezultatelor

Livrabile: buletine de analiză

Analiza integrată a datelor s-a făcut prin corelarea rezultatelor obținute prin analiza materialului biologic provenit de la pacient prin diferite tehnici. Toate aceste rezultate și analize fac subiectul celor două articole ce se află în curs de publicare, motiv pentru care ele nu pot fi detaliate în acest raport (după publicare, cele două articole vor fi publicate pe site-ul proiectului). Corelarea profilului molecular onținut în țesut cu cel din plasmă a fost ilustrat sub forma unui heatmap în figura 1.

Toate analizele au fost decontate din proiect și au servit ca bază pentru integrarea și corelarea datelor de biopsie lichidă. Toate rezultatele obținute au fost transmise pacienților și/sau medicilor curanți.

A.2.5. Transferul cunoașterii privind prelucrarea probelor, analiza și interpretarea datelor obținute prin NGS

Livrabile: Profile moleculare a biopsiilor lichide și a biopsiilor incluse în parafină

Protocolul de lucru conceput, optimizat si validat în cadrul acestui proiect a fost adaptat laboratorului clinic prin stabilirea unor protocoale și a unui flux de lucru. O serie de 5 probe de la pacienți au fost lucrate in cadrul laboratorului clinic al OncoTeam Diagnostic pentru familiarizarea echipei cu abordarea propusa de echipa de cercetare din cadrul P1 si pentru crearea unei rutine zilnice.

A.2.6. Implementarea analizei integrate în laboratorul de biologie moleculară

Livrabile: Implementarea analizei

Analiza NGS a cfNA din plasmă a fost implementată cu succes în cadrul laboratorului de Biologie Moleculară al Oncoteam Diagnostic (CO) și echipa CO a început să ruleze în mod independent probe de biopsie lichidă pentru pacienți cu cancer colorectal și pulmonar. Rezultatele obținute, au fost corelate cu restul analizelor.

A.2.7. Instruire avansată

Livrabile: training NGS

Echipele CO și P1 au beneficiat de instruire în tehnică de secvențiere de nouă generație (NGS) prin participarea în cadrul conferinței OncoHub a reprezentanților celor două companii producătoare a platformelor de secvențiere: Illumina și IonTorrent.

Astfel, în programul primei secțiuni a conferinței OncoHub au fost incluse următoare două simpozioane:

NGS-Based Tools for Non-Invasive Characterization of Tumors, susținut de dl Dr. Ilan Vered în calitate de NGS Account Manager la Thermo Fisher Scientific (Qiryat Shemona, Israel). Dl Dr. Vered a absolvit Universitatea Ben-Gurion din Israel și și-a derulat stagiul doctoral în cadrul Weizmann Institute of Science din Israel, unde a studiat mecanisme de reparare ADN. În perioada post-docotrală a câștigat o vastă experiență în tehnica de secvențiere, participând la dezvoltarea unor aplicații moderne de NGS.
Power of Next Generation Sequencing to Battle Cancer, susținut de d-na Dr. Agnieszka Grybos-Gajniak în calitate de Senior Clinical Sales Specialist - Emerging Markets la Illumina (Bordeaux, Fanța). D-na Dr. Grybos-Gajniak are la bază o formare de cercetător devenind ulterior și specialist în suport ethnic ăentru o serie de tehnici de biologie moleculară cum ar fi NGS, FISH și microarray.

În plus, pe parcursul etapei au existat întâlniri - suport cu rol de instruire cu specialiști din România din partea distribuitorului platformei IonTorrent din dotarea laboratoarelor CO și P1.

A.2.9. Participare la conferințe internaționale, organizarea unei conferințe naționale pe tema biopsiilor lichide, completarea la zi a site-ului proiectului, redactarea raportului de etapă

Livrabile: conferință națională, site-ul proiectului, raportul etapei

În cadrul etapei 2, echipele CO și P1 au participat la următoarele manifestări științifice:

I. Conferințe internaționale

The 45th FEBS Congress, 3-8 iulie 2021, Ljubliana, Slovenia:

B. Galateanu, O. Ginghina, M. Zamfir, M. Mardare, Bondoc, A. Muresan, L. Buburuzan, C. Ardeleanu, M. Costache, A. Hudita, Liquid biopsy in colorectal cancer, P-06.3-35 (participare online cu poster)

2. Cost Action (WG3): Challenges of tumor profiling in translational research, 20-21 septembrie 2021, București, România:

Bianca Galateanu, Ariana Hudita, Elena Ionica, Liquid biopsy: a powerful modern tool for managing colorectal cancer, (participare cu prezentare orală)

II. Conferințe naționale

Conferința OncoHub, 13-15 octombrie 2021, București, România:

2. Conferința OncoHub, 13-15 octombrie 2021, București, România:

3. Conferința OncoHub, 13-15 octombrie 2021, București, România:

Florina Vasilescu, Laura Buburuzan,Maria-Anca Zamfir, Natalia Motas, Assessment of Mutational Status in NSCLC -histhopathological and molecular aspects, participare cu prezentare orală

În cadrul acestei activități, din etapa a doua de derulare a proiectului, echipele CO și P1 au redactat și trimis spre publicare următoarele articole:

Maria-Anca Irofei (Zamfir), Laura Buburuzan, Ariana Hudiță, Bianca Gălățeanu, Octav Ginghină, Ion Daniel, Natalia Motaș, Carmen Maria Ardeleanu, Marieta Costache, Liquid biopsy in lung cancer management, trimis spre evaluare și publicare în Romanian Journal of Morphology and Embriology, IF = 1.033
Octav Ginghină, Bianca Gălățeanu, Marieta Costache, Marius Zamfir, Mara Mardare, Irina Bondoc, Laura Buburuzan, Sergiu Georgescu, Carolina Negrei, Ariana Hudita, Liquid biopsy and artificial intelligence as tools to detect signatures of colorectal malignancies: a modern approach in patient’s stratification, trimis spre publicare în etapa 2, în Frontiers in Oncology, IF = 6.244

Echipele CO și P1 au organizat prima ediție a conferinței OncoHub care a avut loc online în perioada 13-15 octombrie 2021. Acest eveniment a fost organizat sub egida Universității din București (P1) și a Universității de Medicină și Farmacie “Carol Davila” din București și împreună cu OncoTeam Diagnostic (CO), OpTeam și Fundația Diagnoza Medicală. Conferința a fost creditată de Colegiul Medicilor din România cu 18 credite de Educație medicală Continuă și de Ordinul Biochimiștilor, Biologilor și Chimiștilor din Sistemul Sanitar din România cu 18 credite de Educație Medicală Continuă și s-a bucurat de un număr de peste 1300 de participanți care au beneficiat GRATUIT de toate beneficiile aduse de eveniment. Conferința a fost structurată în 6 secțiuni care s-au derulat pe parcursul a 3 zile. Prelegerile au fost susținute de peste 60 de speakeri invitați din 10 țări. În plus, în cadrul acestui eveniment a existat și o sesiune de postere în cadrul căreia prestigioasa editură MDPI, prin jurnalele Pharmaceutics, Cancers si Polymers, împreună cu BioMap au acordat 4 premii.

Redăm mai jos câteva fragmente ale comunicatului de presă al evenimentului:

OncoHub 2021: forum pentru interdisciplinaritate

3 zile de conferință, 6 sesiuni tematice, peste 60 de speakeri din 10 țări

- Biopsia lichidă: un nou instrument de prognostic pentru terapia personalizată la pacienții cu cancer în stadii avansate

- Algoritmi de inteligență artificială în diagnosticul patologic modern

- Rolul secvențierii de nouă generație (NGS) în oncologie

- Avantajele chirurgiei robotice în managementul pacientului oncologic

- Nanotehnologii pentru dezvoltarea unor sisteme de administrare controlată și țintită a terapiei antineoplazice

- Soluții moderne de modelare a patologiilor oncologice în laborator pentru creșterea calității rezultatelor cercetării științifice

- Pacientul – în centrul managementului oncologic

Prima ediție a conferinței OncoHub s-a desfășurat online în perioada 13-15 octombrie 2021, fiind structurată pe șase sesiuni:

1. Strategii moderne în diagnosticul oncologic (susținută prin grantul național de cercetare PN-III-P2-2.1-PTE-2019-0577 ONCONGS), 2. Chirurgie oncologică, 3. Oncologie clinică, 4. Nanotehnologie și descoperirea de noi medicamente, 5. Modelarea in vitro a bolii oncologice, 6. Reabilitarea pacienților și sprijin multidisciplinar pe termen lung, studii preclinice și clinice la care s-a adăugat și o secțiune de prezentare de postere. OncoHub 2021 a marcat câteva cifre-record – peste 1.000 de participanți înscriși, mai mult de 60 de speakeri din țară și străinătate (SUA, Marea Britanie, Grecia, Franța, Germania, Israel, Rusia, Spania, Suedia, Țările de Jos), peste 63 de prezentări în cele trei zile de conferință. Lectorii din țară și din străinătate au putut aduce la cunoștința colegilor lor (peste 600 de participanți pe zi) noutățile din domeniile medicale în care activează. Ediția viitoare a OncoHub va avea loc în luna septembrie a anului 2022.

„OncoHub este un eveniment cu un înalt caracter inter și multidisciplinar, care a reușit să reunească, prin speakerii care ni s-au alăturat, specialiști care provin din diverse domenii – medici, farmaciști, biologi, biochimiști, ingineri în științe biomedicale, toți, specialiști care interacționează cu pacientul oncologic pe parcursul său, de la diagnostic și până la recuperare. Trebuie menționată și importanța creditării evenimentului și doresc să mulțumesc Colegiului Medicilor din România și Ordinului Biochimiștilor, Biologilor și Chimiștilor în Sistemul Sanitar din România, care au creditat evenimentul nostru cu câte 18 credite EMC”, a declarat lector dr. Bianca Gălățeanu, președintele conferinței OncoHub, în cuvântul de bun venit adresat participanților. „Această conferință are șansa de a se internaționaliza foarte rapid și de a se adresa, astfel, unor comunități mult mai extinse. De asemenea, sperăm că OncoHub va fi și un forum care va facilita stabilirea unor relații de colaborare pentru viitor, pentru proiecte naționale și internaționale”, a declarat prof. dr. Carmen Chifiriuc, prorector cercetare, Universitatea București. Prof. dr. Viorel Jinga, rectorul Universității de Medicină și Farmacie „Carol Davila” București, a subliniat rolul medicilor și faptul că „medicina secolului XXI, în tot ansamblul său, reușește să repoziționeze miracolul vieții într-o realitate pe care secolul trecut o putea înregistra doar ca pe un ideal, iar această realitate se creionează într-un zâmbet pe chipul pacienților noștri ori de câte ori tratamentele inovatoare, implicarea și dăruirea de care dați dovadă ating noi culmi ale performanței”. „Fără o echipă, fără o multidisciplinaritate, cu siguranță nu avem cum să mergem înainte. Sper ca această conferință să fie una care să aducă subiecte de interes fiecăruia dintre noi și care să ne dea, cum spuneam, niște răspunsuri”, a declarat conf. dr. Octav Ginghină, coordonator științific al OncoHub, Spitalul Clinic de Urgență „Sf. Ioan”, București.

ETAPA 3/2022

A.3.1. Validare externă panel ONCONGS

Livrabile: buletine de analiză ale controalelor externe

Echipa CO s-a înscris în această etapă pentru validare externă a analizei la centrul de control extern pentru biologie moleculară EMQN. Pentru probele trimise în etapa anterioară EMQN a acordat calificativul foarte bine pentru DNA SEQUENCING - NGS (v Somatic) (documentele doveditoare disponibile până la momentul finalizării proiectului au fost încărcate în platfoma UEFISCDI). În continuare este așteptată și diploma cu calificativul obținut de la ESP EQA unde echipa CO s-a înscris anul trecut cu 2 probe ARN si 5 probe ADN.

A.3.2. Implementare analiza in laborator

Livrabile: Implementarea analizei

In urma activităților de training și de transfer de cunoaștere derulate în cadrul etapei anterioare, echipa CO a implementat în laboratorul său analiza de biopsie lichidă pentru cancer colorectal și cancer pulmonar și a prestat până în prezent acest serviciu pentru un număr de 5 pacienți (în afara lotului de pacienți din studiu).

A.3.3. Depunere cerere brevet national

Livrabile: cererea de brevet

Echipa CO a depus la OSIM cererea de brevet nr A00234/06.05.2022 cu titlul (documentul scanat a fost încărcat în pltforma UEFISCDI):

Titlu: Model de determinare a profilului molecular tumoral din sângele periferic al pacienților oncologici în stadii avansate pentru personalizarea și modularea abordării terapeutice

Inventatori: Bianca Galateanu, Ariana Hudita, Octav Ginghina, Carmen Maria Ardeleanu, Anca Zamfir-Irofei (toti membri ai echipei proiectului)

A.3.4. Redactare un articol ISI, depunere cerere de brevet, completarea la zi a site-ului proiectului, redactarea raportului de etapă

Livrabile: manuscris articol, număr înregistrare OSIM, update website, raport etapa

Echipa P1 a editat in conformitate cu observațiile evaluatorilor manuscrisul: Liquid biopsy and artificial intelligence as tools to detect signatures of colorectal malignancies: a modern approach in patient’s stratification, trimis spre publicare în Frontiers in Oncology, IF = 6.244. În urma reviziei, manuscrisul a fost acceptat spre publicare și în prezent este deja publicat.

În plus, echipele au contribuit la redactarea a încă a doua manuscrise care vor fi trimise spre evaluare și publicare în reviste ISI imediat după finalizarea proiectului:

Laura Buburuzan, Anca Zamfir-Irofei, Carmen Maria Ardeleanu, Alin Horatiu Muresan, Florina Vasilescu, Ariana Hudita, Marieta Costache, Bianca Galateanu, Alexandra Puscasu, Alexandru Filippi, Natalia Motas, NGS Comparative Analysis of Liquid Biopsy (LB) and Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) Samples of Non-Small Cell Lung Carcinoma (NSCLC) - intentie de submitere in Cancers MDPI
Bianca Galateanu, Ariana Hudita, Octav Ginghina, Marius Zamfir, Andrada Spanu, Mara Mardare, Irina Bondoc, Dana Cernov, Laura Buburuzan, Anca Zamfir-Irofei, Cornelia Nitipir, NGS Comparative Analysis of Liquid Biopsy (LB) and Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) Samples of colorectal cancer (CRC) - intentie de submitere in Frontiers in Oncology

A.3.5. Analiza literaturii de specialitate in vederea selecției și achiziției unor reactivi și consumabile de laborator

Livrabile: stocuri de reactivi și consumabile

Cercetătorii ambelor echipe au studiat literatura de specialitate pentru un update al informațiilor culese până în prezent. În acord cu cele mai recente studii publicate, și de asemenea, având în vedere și experiența proprie cumulate în cadrul etapelor interioare, au fost întocmite listele de achiziții pentru stocurile de reactivi și consumabile necesare derulării studiilor vizate în proiect. Stocurile de reactivi și consumabile au fost justificate în fișa de evidență a cheltuielilor, încărcată în platforma UEFISCDI.

IMPACTUL PROIECTULUI

Cel mai important rezultat al proiectului îl reprezintă validarea cu succes a protocolului de biopsie lichidă propus, pentru pacienții cu cancer colorectal și cancer pulmonar (NSCLC), ceea ce a dus la implementarea unui nou serviciu în portofoliul de analize medicale al instituției coordonatoare (Oncoteam Diagnostic). Acest lucru are un impact major asupra pacienților oncologici care suferă de cancer pulmonar (tip NSCLC) sau cancer colorectal din România, și care pot beneficia de această analiză într-un mod mult mai facil decât înainte. Avantajul major al analizei ADNct prin secvențiere de nouă generație (NGS) constă în complexitatea datelor furnizate ca urmare a tehnologiei ultra moderne care permite screening-ul a numeroase alterări moleculare, printr-o singură analiză, utilizând o singură probă. În concluzie, rezultatele obținute în urma analizei datelor de secvențiere au un imens impact asupra modulării tratamentului pacienților, oferind posibilitatea de adaptare în timp real a terapiei pe baza dinamicii modificărilor moleculare identificate, pentru cele două patologii vizate: cancerul colorectal și cancerul pulmonar tip NSCLC. Mai mult decât atât, toți pacienții care au participat la acest studiu au beneficiat de rezultatele tuturor analizelor în mod gratuit, inclusiv de caracterizarea profilului molecular atât din țesut cât și din plasma.

Un alt rezultat remarcabil al acestui proiect este reprezentat de crearea conceptului OncoHub, care are ca scop formarea unui spațiu multidisciplinar în care medicii și oamenii de știință pot comunica și pot colabora pentru a aduce reale progrese în abordarea pacienților oncologici. Conferința OncoHub organizata în cadrul acestui proiect de cercetare s-a bucurat de un interes deosebit din partea comunității științifice și medicale din România și a atras susținerea CMR și a OBBCSSR prin nivelul maxim de creditare a manifestării științifice. Mai mult, aceasta conferință națională s-a bucurat de o importantă participare internațională ceea ce a facilitat crearea de noi posibile colaborări și schimburi de experiență în domeniul oncologiei. Peste 1300 de specialiști în domeniul biomedical au beneficiat în mod gratuit de 3 zile de formare și 4 tineri au fost premiați.

OncoHub

Prezentare succintă (2-3 paragrafe) a rezultatelor obținute în cadrul proiectului

Proiectul 29PTE/2020 se încheie cu atingerea scopului prin realizarea tuturor obiectivelor si chiar depășirea indicilor de diseminare planificați. Astfel, în urma implementării proiectului de cercetare, OncoTeam Diagnostic SA (Institutia coordonatoare), a implementat un nou serviciu în portofoliul de analize medicale, si anume: Biopsia lichida pentru cancer colorectal și cancer pulmonar. Avantajul major al analizei profilului molecular tumoral în sângele periferic al pacienților oncologici, prin secvențiere de nouă generație (NGS), constă în complexitatea datelor furnizate ca urmare a tehnologiei ultra moderne. Astfel, această analiză permite screening-ul a numeroase alterări moleculare, utilizând o singură probă de sânge, cu un imens impact asupra modulării tratamentului pacienților, oferind posibilitatea de adaptare în timp real a terapiei pe baza dinamicii modificărilor moleculare identificate.

În ciuda dificultăților întâmpinate datorita Pandemiei cu SARS-COV-19:

(i) au fost create parteneriate cu spitale importante din capitală, împreună cu care s-a creat un lot semnificativ de pacienți ce au fost înrolați în studiu, pacienți care au beneficiat în mod gratuit de analizele histopatologice, imunohistochimice, de biologie moleculara și mai ales de analiza profilului molecular tumoral atât din țesut cât și din plasma, iar rezultatele acestor analize le-au parvenit în vederea sprijinirii medicilor oncologi curanți în luarea unor decizii terapeutice personalizate; (ii) personalul de cercetare a beneficiat de training pentru tehnica NGS și analiza biopsiilor lichide; (iii) s-a realizat transferul de cunoaștere către operatorul economic care a implementat noul serviciu și a validat extern analiza, în centre internaționale de control extern pentru probe de biologie moleculară; (iv) a fost organizată o conferință națională, cu participare internațională care a crescut semnificativ vizibilitatea proiectului, a echipelor de cercetare și a rezultatelor obținute.

În ceea ce privește diseminarea rezultatelor: (i) din cele 2 articole ISI planificate, unul a fost deja publicat în revista Frontiers in Oncology (IF=6.244), iar cel de al doilea a fost acceptat spre publicare în revista Romanian Journal of Embryology and Morphology (IF=1.03) și va apărea în primul volum al revistei din anul 2022. Mai mult, la momentul finalizării proiectului există deja redactate încă 2 articole științifice (cu rezultate obținute în cadrul acestui proiect de cercetare) ce vor fi trimise spre evaluare și publicare în reviste ISI, cu acknowledgement la acest proiectul de cercetare; (ii) din cele 4 participări planificate la conferințe, s-au realizat 5 participări astfel: 2 participări la conferințe internaționale (un poster si o prezentare orală) și 3 participări la o conferință națională cu participare internațională; (iii) a fost depusa la OSIM cererea de brevet planificată și (iv) a fost organizata conferința națională planificată.

Conferința națională ce a fost planificată, a fost organizată în format online, ceea ce a permis pe de o parte înscrierea unui număr mare de participanți (peste 1300 de participanți în audiență) și pe de altă parte, participarea unui număr semnificativ de speakeri străini (60 de speakeri din 10 tari). Mai mult, Conferința OncoHub (www.oncohub.ro) s-a bucurat de creditare cu număr maxim de ore de Educație Medicala Continuă (6 EMC/zi - 18 EMC în total) din partea Colegiului Medicilor din Romania (CMR) și din partea Ordinului Biochimiștilor, Biologilor si Chimiștilor din Sistemul Sanitar din România (OBBCSSR). În concluzie, acest eveniment: (i) a creat o oportunitate de formare în domeniul biomedical pentru un număr de peste 1300 de specialiști care au beneficiat de participare gratuită și de vouchere de publicare a propriilor studii în reviste șitiințifice de tip Open Access (ii) a oferit șansa tinerilor specialiști să se remarce în comunitatea științifică răsplătindu-le munca cu 4 premii oferite de Editura MDPI și Atlasul Virtual Biomap pentru cele mai bune postere, și nu în ultimul rând, (iii) a oferit o foarte buna vizibilitate proiectului prin:

- numărul foarte mare de participanți: medici și cercetători în domeniul oncologiei

- parteneriatele media cu Revista Politici de Sănătate, Școala Pacienților, Romedic, Despre Cancer.ro, Jurnal de Sănătate, Medical Manager, Sănătatea Contează, etc

- caracterul său internațional: peste 60 de speakeri din 10 țări

- încurajarea tinerilor să participe la evenimente științifice de formare profesională prin sesiunea de postere

- prestigiul dat de:

- consorțiul de organizare: Universitatea din București, Universitatea de Medicină și Farmacie „Carol Davila” din București, OncoTeam Diagnostic SA, OpTeam și Fundația Diagnoza Medicală

- creditarea prin CMR și OBBCSSR cu numărul maxim de credite de educație medicală continuă (câte 18 EMC)

- parteneriatul cu reviste științifice prestigioase (Pharmaceutics MDPI, Cancers MDPI și Polymers MDPI)

Fisiere descărcabile:

Liquid biopsy and artificial intelligence as tools to detect signatures of colorectal malignancies: a modern approach in patient’s stratification, Frontiers in Oncology, 12, 856575 (IF = 6.244)

PN-III-P2-2.1-PTE-2019-0577 29PTE/2020 - ONCONGS Biopsia lichidă - alternativa modernă în determinarea profilului molecular prin NGS pentru modularea terapiei în cancerul avansat. Validare și implementare

INFORMATII GENERALE

REZUMATUL PROIECTULUI

SCOP SI OBIECTIVE

IMPLEMENTARE

ETAPA 1/2020

ETAPA 2/2021

ETAPA 3/2022

IMPACTUL PROIECTULUI

Prezentare succintă (2-3 paragrafe) a rezultatelor obținute în cadrul proiectului

Fisiere descărcabile:

Liquid biopsy and artificial intelligence as tools to detect signatures of colorectal malignancies: a modern approach in patient’s stratification, Frontiers in Oncology, 12, 856575 (IF = 6.244)

Subscribe to Our Newsletter

PN-III-P2-2.1-PTE-2019-0577
29PTE/2020 - ONCONGS
Biopsia lichidă - alternativa modernă în determinarea profilului molecular prin NGS pentru modularea terapiei în cancerul avansat. Validare și implementare