PN-III-P2-2.1-PTE-2021-0663
66PTE/2022 - ONCOGUARD

Validarea și implementarea biopsiei lichide ca o metoda actuală de determinare a profilului molecular prin NGS pentru prognosticul și modularea terapiei în cancerul de sân

Rezumat:

Incidenta cancerului mamar pe glob este in crestere si se estimeaza ca in urmatorii ani o femeie din 8 va fi afectata de aceasta boala. Daca depistarea precoce a acestei tumori are rezultate terapeutice bune pe parcursul a zeci de ani, trebuie de mentionat ca exista zone goegrafice, printre care si tara noastra unde un procent semnificativ din aceste tumori sunt diagnosticate in stadii avansate, pentru care la ora actuala se cauta noi parametri care sa permita o terapie tintita, de precizie si personalizata pentru fiecare caz. In aceste conditii este necesara o evaluare permanenta a clonalitatii si heterogenitatii tumorale pentru stabilirea unor factori de predictie si prognostic cat mai precisi, adaptati fiecarui caz in parte. Diagnosticul histopatologic primar al unei tumori mamare, presupune dupa investigatiile clinico-imagistice initiale o punctie-biopsie pentru stabilirea diagnosticului si a imunofenotipilui tumoral, de care depinde initierea tratamentului (radio- sau chimioterapie ori terapie hormonala) si terapia chirurgicala radicala. Dar pentru monitorizarea terapiei si eventualele recaderi sau evaluarea bolii minime reziduale la ora actuala este nevoie de determinarea statusului molecular al anumitor gene sau de evaluarea unor mutatii genice, iar materialul tumoral inclus la parafina poate fi insuficient sau degradat, ceea ce face imposibila efectuarea acestor teste. Metoda non invaziva de testare a profilului molecular personlizat prin secventiere de noua generatie, NGS, din sange (biopsia lichida), permite astfel monitorizarea terapiei, a evolutiei clonale, a heterogenitatii tumorale, evaluarea rezistentei la terapia hormonala si evidentierea bolii minime reziduale. Obiectivele principale ale proiectului in aceasta etapa sunt stabilirea materialului de lucru prin initierea selectarii loturilor de paciente pe baza criteriilor de includere si excludere, obtinerea consimtamantului informat de la paciente, diagnosticul histopatologic al tipurilor si subtipurilor tumorale, caracterizarea lor histopatologica, determinarea imunofenotipului tumoral și initierea testarilor moleculare. 

​

Rezultate obținute în etapa 1/2022:
- lista criteriilor de înrolare și model fișa de consimțământ
- probe biologice
- design experimental (stabilire protocoale de lucru)
- buletine de analiză
- raport de instruire NGS
- probe de ADNct

​

A.1.1. Conceperea loturilor de pacienți - CO & P1
Livrabile: Lista criteriilor de înrolare și model fișa de consimțământ
A.1.2. Înrolarea pacienților și obținerea probelor biologice (piesa intraoperatorie și plasmă) - CO
Livrabile: probe biologice
A.1.3. Studiul literaturii de specialitate - CO & P1
Livrabile: design experimental (stabilire protocoale de lucru)
A.1.4. Analiza țesuturilor incluse in parafină - CO
Livrabile: buletine de analiză
A.1.5. Analiza NGS pentru determinarea profilului molecular din biopsia de țesut - CO & P1
Livrabile: buletine de analiză
A.1.6. Training NGS cu aplicații în biopsia lichidă - CO & P1
Livrabile: raport de instruire NGS
A.1.7. Izolarea ADNct din plasmă - P1
Livrabile: probe de ADNct
A.1.8. Diseminare - CO & P1
Livrabile: trimiterea spre publicarea a unui articol ISI, participare la 1 conferința internationala, organizarea unei conferințe naționale, site-ul proiectului, raportul etapei

​

ETAPA 2/2023

Rezumat:

 Incidenta cancerului mamar pe glob este in crestere iar in tara noastra un procent semnificativ din aceste tumori sunt diagnosticate in stadii avansate in mare parte datorita lipsei unu program de screening. Diagnosticul histopatologic primar al unei tumori mamare, presupune dupa investigatiile clinico-imagistice initiale o punctie-biopsie pentru stabilirea diagnosticului si a imunofenotipilui tumoral, de care depinde initierea tratamentului (radio- sau chimioterapie ori terapie hormonala) si terapia chirurgicala radicala. Dar pentru monitorizarea terapiei si eventualele recaderi sau evaluarea bolii minime reziduale la ora actuala este nevoie de determinarea statusului molecular al anumitor gene sau de evaluarea unor mutatii genice, iar materialul tumoral inclus la parafina poate fi insuficient sau degradat, ceea ce face imposibila efectuarea acestor teste. Metoda non invaziva de testare a profilului molecular personlizat prin secventiere de noua generatie, NGS, din sange (biopsia lichida), permite astfel monitorizarea terapiei, a evolutiei clonale, a heterogenitatii tumorale, evaluarea rezistentei la terapia hormonala si evidentierea bolii minime reziduale. In urma parcurgerii etapei a doua a proiectului, am obtinut inrolarea unui numar de 32 de pacienti care au beneficiat de analizele HP, IHC si de secventiere pentru determinarea profilului molecular atat in tesut cat si in plasma. In plus, s-a facut validarea externa a tehnicii la QUIP/ESP international Germania. Din punct de vedere al diseminarii, s-a trimis spre evaluarre un articol ISI, iar membri echipelor de cercetare au participat la 2 conferinte internationale si una nationala. Nu in ultimul rand, a fost organizata Conferinta OncoHub (cea de a treia editie), fara sprijin financiar din partea proiectului.

​

Rezultate obținute în etapa 2/2023:

- probe biologice;

- buletine de analiză;

- probe de ADNct;

- rapoarte privind corelarea rezultatelor;

- buletine de analiză ale controalelor externe;

​

A.2.1. . Înrolarea pacienților și obținerea probelor biologice (piesa intraoperatorie și plasmă) - CO  Livrabile: Probe biologice

A.2.2.  Analiza țesuturilor incluse în parafină - CO  Livrabile: Buletine de analiză;

A.2.3.  Analiza NGS pentru determinarea profilului molecular din biopsia de țesut  - CO&P1  Livrabile: Buletine de analiză;

A.2.4.  Izolarea ADNct din plasmă  - P1  Livrabile: Probe de ADNct;

A.2.5.  Analiza NGS pentru determinarea profilului molecular din ADNct  - CO&P1  Livrabile: Buletine de analiză;

A.2.6.  Analiza de date și corelarea rezultatelor obținute în etapa de analiză a probelor biologice  - P1  Livrabile: Rapoarte privind colerarea rezultatelor;

A.2.7.  Validarea externă a panelului ONCOGUARD  - CO  Livrabile: Buletine de analiză ale controalelor externe;

A.2.8.  Diseminare  - CO&P1  Livrabile:  Trimiterea spre publicarea a unui articol ISI, participare la 1 conferința internationala,
organizarea unei conferințe naționale, site-ul proiectului, raportul etapei;

​

ETAPA 3/2024

Rezumat:

 În această ultimă etapă a proiectului au avut loc cateva activitati esențiale pentru implementarea analizei de laborator în cadrul OncoTeam Diagnostic. În primul rând, a fost realizată o corelare a datelor obținute pentru fiecare pacient în urma analizelor efectuate. Acest lucru a permis validarea identificării mutațiilor din tumorile mamare și în sângele periferic. Demonstrarea funcționalității analizei a fost făcută prin utilizarea alternative a unui kit validat pentru diagnostic (aprobat FDA), iar datele obținute au confirmat rezultatele. Mai mult, în etapa anterioara analiza a fost supusa unei validări externe, iar rezultatele primate au fost favorabile. După depășirea acestei etape, s-a realizat transferal cunoșterii de la echipa P1 către echipa CO prin implementarea protocolului dezvoltat și validat, în laboratorul clinic. Acest lucru a presupus adaptarea etapelor de lucru la fluxul și rigorile din laboratorul clinic, aspecte ce nu se regăsesc în rutina laboratorului de cercetare. După această etapă, a urmat implementarea propriu-zisă a analizei în laboratorul OncoTeam care ruleaza în mod independent acest serviciu pentru pacienti. Nu în ultimul rând, în această etapă a avut lor și diseminarea rezultatelor obținute prin publicarea a două articole ISI și trimiterea spre publicare a unui review, tot într-o reviste ISI.

​

Rezultate obținute în etapa 3/2024:

- rapoarte de analiză,
- buletine de analiză,
- protocoale de lucru,
- implementarea analizei,

​

A.3.1. . Analiza integrată a datelor și corelarea rezultatelor - CO&P1  Livrabile: Rapoarte de analiză

A.3.2. Demonstrarea funcționalității modelului validat - CO&P1 Livrabile: Buletine de analiză;

A.3.3. Transferul cunoașterii privind prelucrarea probelor, analiza și interpretarea datelor obținute prin NGS - P1  Livrabile: Protocoale de lucru

A.3.4.  Implementarea analizei integrate în laboratorul de biologie moleculară - CO  Livrabile: Implementarea analizei

A.3.5.  Diseminare- CO&P1  Livrabile: trimiterea spre publicarea a unui articol ISI, completarea la zi a site-ului proiectului, redactarea raportului de etapă si a raportului final

​

DISEMINARE PROIECT:

​

         - 2 articole ISI publicate și 1 articol ISI aflat în evaluare:

          C.M. Ardeleanu, M.V. Olinca, C.G. Viișoreanu, H.A. Mureșan, A. Tecuceanu-Vulpe, G. Manole, I.E. Gune, B. Gălățeanu, A.C. Ilie-Petrov, F. Ultimescu, NGS mutational status on first diagnostic tissue, liquid biopsy and mastectomy in G2–G3 breast cancer, Rom J Morphol Embryol 2024, 65(2):in press, ISSN (print) 1220–0522, ISSN (online) 2066–8279, doi: 10.47162/RJME.65.2.y (IF = 1.2)
           B. Gălățeanu, O. Ginghină, A. Hudiță, R.S. Tudorache, M. Zamfir, M. Mardare, C. Lambert, M. Birligea, C. Diaconu, C. Popp, G.T.A. Burcea-Dragomiroiu, A. Voiosu, T. Voiosu, RFA-Induced Alterations in the Expression of PD-1 and CTLA-4 in the Tumour Microenvironment pCCA: Results from an Exploratory Study, FARMACIA, 2024, Vol. 72(3), https://doi.org/10.31925/farmacia.2024.3.10 (IF = 1.4)

            F. Ultimescu, A. Hudiță, D.E. Popa, M.V. Olinca, H.A. Mureșan, M. Ceaușu, D. Stanciu, O. Ginghină, B. Gălățeanu, Impact of molecular profiling on therapy management in breast cancer - în evaluare în JCM MDPI

​

          - 3 participări la conferințe internaționale:

            B. Galateanu, M.C. Zamfir Chiru Anton, M. Mardare, I. Bondoc, A. Hudita, “Next-Generation Sequencing in Liquid Biopsy: Prognostic, Therapy Modulation and Early Detection of Metastases and Recurrence”, Al 33 lea Congres Mondial IASGO, 28 sept - 1 oct 2022, Istanbul, Turcia

             Mara Mardare, Marius Zamfir, Ariana Hudita, Irina Bondoc, Andrei Vacarasu, Alin Burlacu, Bogdan Tanase, Daniela Zob, Bianca Galateanu, Octav Ginghina,“Adrenal and retroperitoneal tumors - distant metastases from lobular carcinoma of the breast presenting as acute abdominal obstruction. Case report” 42ESSO Congress, 25-27 oct 2023, Florenta, Italia

              C.Ardeleanu, M. Olinca B. Galateanu, H. Muresan, A. Tecuceanu Vulpe, I. Gune, G. Manole, M. Bugeanu, A. Hudita, “NGS mutational status on first diagnostic tissue and liquid biopsy in breast cancer”, 35thEuropean Congress of Pathology, 9-13 Sept 2023, Dublin, Irlanda

      - 4 participări la conferințe naționale:

      M. Olinca, A.H. Mureșan, “HER2 Low Breast Cancer”, a 2 a Ediție a Conferinței Oncohub, 21-23 sept 2022, Poiana Brașov, România.

       Maria Olinca, “Stratificarea riscului in carcinoamele endometriale- de la tradițional la molecular”, a 3 a Ediție a Conferinței Oncohub, 20-22 sept 2023, București, România

        Camelia Dobrea, “Limfomul cu celula mare B: Noi fatete ale unei mai vechi entitati”, a 3 a Ediție a Conferinței Oncohub, 20 22 sept 2023, București, România

       Giovanni Bussolati, “Fixarea tesuturilor: Reactivi, proceduri si rezultate”, a 3 a Ediție a Conferinței Oncohub, 20-22 sept 2023, București, România

​

        - site-ul proiectului

        - 3 rapoarte de etapă și un raport de proiect final

        - organizarea celei de-a doua ediție a Conferinței Oncohub (fără susținere financiară din partea proiectului) 

       - organizarea unei conferințe naționale (cea de-a treia Ediție a Conferinței OncoHub - Connecting Scientists and Physicians for Next Generation Cancer Management și a primului Workshop OncoHub (fără susținere financiară din partea proiectului).

​

​​Prezentarea succientă a rezultatelor obținute în cadrul proiectului pentru diseminarea pe scară largă​

Proiectul 66PTE/2020 se încheie cu atingerea scopului prin realizarea tuturor obiectivelor. Astfel, în urma implementării proiectului de cercetare, OncoTeam Diagnostic SA (Institutia coordonatoare), a implementat un nou serviciu în portofoliul de analize medicale, si anume: Biopsia lichida pentru cancer mamar. Avantajul major al analizei profilului molecular tumoral în sângele periferic al pacienților oncologici, prin secvențiere de nouă generație (NGS), constă în complexitatea datelor furnizate ca urmare a tehnologiei ultra moderne. Astfel, această analiză permite screening-ul a numeroase alterări moleculare, utilizând o singură probă de sânge, cu un imens impact asupra modulării tratamentului pacienților, oferind posibilitatea de adaptare în timp real a terapiei pe baza dinamicii modificărilor moleculare identificate.

În cadrul acestui proiect: (i) au fost create parteneriate cu spitale importante din capitală, împreună cu care s-a creat un lot semnificativ de pacienți ce au fost înrolați în studiu, pacienți care au beneficiat în mod gratuit de analizele histopatologice, imunohistochimice, de biologie moleculara și mai ales de analiza profilului molecular tumoral atât din țesut cât și din plasma, iar rezultatele acestor analize le-au parvenit în vederea sprijinirii medicilor oncologi curanți în luarea unor decizii terapeutice personalizate; (ii) personalul de cercetare a beneficiat de training pentru tehnica NGS și analiza biopsiilor lichide; (iii) s-a realizat transferul de cunoaștere către operatorul economic care a implementat noul serviciu și a validat extern analiza în centre internaționale de control extern pentru probe de biologie moleculară; (iv) a fost contiunuată organizarea conferinței naționale OncoHub care a crescut semnificativ vizibilitatea proiectului, a echipelor de cercetare și a rezultatelor obținute.În ceea ce privește diseminarea rezultatelor: (i) din cele 3 articole ISI planificate, 2 au fost deja publicate în reviste cotate ISI și încă 1 articol a fost trimis spre evaluare și publicare într-o revistă ISI, cu acknowledgement la acest proiectul de cercetare; (ii) din cele 4 participări planificate la conferințe, s-au realizat 7 participări astfel: 3 participări la conferințe internaționale și 4 participări la o conferință națională cu participare internațională; (iii) a fost organizata conferința națională planificată (două ediții, fără finanțare din proiect).

​